Державний дитячий музичний театр (таку назву театр мав до 1998 р.) засновано у червні 1982 року Постановою Ради Міністрів УРСР. Фундаторами театру стали народні артисти України – відомий музикант Євген Васильович Дущенко (1925-2011), призначений на посаду головного диригента та Михайло Михайлович Кречко (1925-1996), призначений  головним хормейстером.

На початку лютого 1985 р. відбулося офіційне відкриття першого в Україні, другого в  тодішньому СРСР і другого в світі Державного дитячого музичного театру.
Театр дебютував трьома виставами. На сцені Оперної студії Київської державної консерваторії ім. П.І. Чайковського були показані: 1 лютого – дитяча фантастична опера М. Лисенка «Зима і Весна» (диригент-постановник – н.а. України Є. Дущенко, режисер-постановник – н.а. СРСР Д. Гнатюк, художник-постановник –  нар. художник України Д. Нарбут) та 3 лютого – опера-казка «Чарівна музика» М. Мінкова (диригент-постановник – Є. Дущенко, режисер-постановник – С. Шутько, художники-постановники - Д.Черкаський та Р.Сахалтуєв). 2 лютого на сцені Палацу «Україна» було показано балет «Хлопчиш-Кибальчиш» М. Сільванського (диригент-постановник – Є. Дущенко, диригент – А. Бойченко, балетмейстер-постановник – з.а. України  В. Федотов, художник-постановник – В. Севрюкова).

Ці вистави одразу ж визначили  творчі орієнтири нового театру на вітчизняну класику, твори сучасних композиторів, написані для дитячої аудиторії різного віку, а також на першопрочитання.

У 1985 р. до театру прийшов видатний український митець Микола Іванович Мерзлікін (1936-2006), який до кінця життя був незмінним головним режисером театру. Його дебютом стало першопрочитання опери О. Костіна «Золоторогий олень», а  у наступному сезоні режисером поставлена «Казка про царя Салтана» М. Римського-Корсакова, яка і нині є однією з кращих вистав театру. 

Окрім показу вистав театр проводив велику просвітницьку роботу, роботу з естетичного виховання підростаючого покоління. Щороку проходили «Тиждень музики для дітей та юнацтва» та «День театру» у школах, відбувалися глядацькі конференції, проводилися соціологічні опитування, організовані педагогами театру.

Постійною була також і благодійницька, шефська робота серед дітей-сиріт, дітей-інвалідів, дітей з багатодітних родин та найменш соціально захищених верств населення.

До 1998 року театр не мав власного приміщення, вистави відбувалися практично на всіх сценічних майданчиках міста. З 1998 року Київський державний музичний театр працює у приміщенні колишнього Центру мистецтв «Славутич».

20 червня 2002 року Київський державний музичний театр для дітей та юнацтва відзначив своє 20-річчя. За видатні заслуги у розвитку мистецтва та з нагоди ювілею йому було надано статус академічного.

Від 2005 року назва театру – Київський муніципальний академічний театр опери і балету для дітей та юнацтва.

З кожним роком зростав міжнародний авторитет театру. Творчий колектив з великим успіхом репрезентував хореографічне та музичне мистецтво України у світi. За час своєї історії колектив виступив у більш ніж 30 країнах Європи, Азії, Африки, Північної та Південної Америки. Це були і гастролі, і представницькі музичні фестивалі, і участь у міжнародних проектах.

Сьогодні в репертуарі театру близько 60 вистав. Всього ж за роки існування колектив здійснив 138 постановок (це твори понад 70 композиторів) і понад 40 вистав театром поставлено вперше. Це опери, балети, мюзикли, музичні казки, симфонічні та вокально-симфонічні твори для глядачів найрізноманітнішого віку, які стали значним внеском у скарбницю національного музично-театрального мистецтва.

В останні роки театр приділяє особливу увагу так званим родинним виставам, які із задоволенням відвідують і батьки, і діти. Головними відвідувачами таких вистав є родини, де батьки небайдуже ставляться до виховання та культурного розвитку своїх дітей.

Для юних театралів із числа наших шанувальників у 2010 році розпочав роботу Родинний клуб глядачів «Мій Театр», до якого залучені діти віком від 5 до 12 років разом із батьками. Клуб має вже понад 50 постійних учасників. На зустрічах клубу, які проводяться раз на два місяці після перегляду вистав, його учасники дізнаються про те як народжуються оперні та балетні вистави, створюються декорації та костюми, зустрічаються з артистами, режисерами, балетмейстерами, хормейстерами, представниками інших театральних професій.

2011 рік поклав початок новому лекторійно-просвітницькому проекту «Музичні класики», метою якого у є знайомство дітей із дивовижним світом музичного театру. Перша програма запросила юних глядачів та їхніх батьків на «Симфонічну абетку» (класик перший). Нещодавно з величезним успіхом пройшла прем'єра другого класика – «Балетної абетки для дітей та їхніх батьків». Пізнавальні лекторійно-філармонійні програми циклу «Музичні класики» театр проводить у формі уроків, що відбуваються веселій, невимушеній, нестандартній обстановці. 

У 2009-2017 роках до складу театру входила трупа «КИЇВ МОДЕРН-БАЛЕТ», створена відомим балетмейстером Раду Поклітару.

Сьогодні в театрі працюють понад 380 осіб, з них понад 260 творчих працівників (в оперній та балетній трупах, хорі, симфонічному оркестрі).

У 2008-2012 рр. художнім керівником театру був знаменитий маестро, народний артист України Олексій Баклан, з червня 2012 р. по жовтень 2013 р. – балетмейстер із світовим ім'ям Раду Поклітару.

Свідченням високої мистецької зрілості колективу є премії та численні відзнаки міжнародних, всесоюзних та всеукраїнських оглядів-конкурсів. Театральною премією «Київська пектораль» у номінації «за кращу виставу для дітей» відмічені одноактний балет «Візок тата Жюньє» на музику Р. Штрауса (балетмейстер О. Ратманський, 1997) та мюзикл «Як козаки змія приборкували» І. Поклада (режисер Л. Моспан-Шульга, 2001), які також є першопрочитаннями нашого театру, опера «Кощій безсмертний» (режисер М. Мерзлікін, 2002) та балети «Мауглі» О. Градського (балетмейстер В. Литвинов, 2003) і «Білосніжка та семеро гномів» Б. Павловського (хореографія Г. Майорова, постановка В. Литвинова, 2006). Лауреатом І Міжнародного театрального фестивалю «Подія» стала вистава «Дитя і чари» – опера-балет на музику М. Равеля (режисер Л. Моспан-Шульга, 2008). Премією «Київська пектораль» у номінації «краща музична вистава» театр нагороджено за постановку опер Ф. Пуленка «Перси Тіресія» (2010 р.), «Травіата» Дж. Верді (2011 р.) та «Богема» Дж. Пуччіні (2017 р.).