Театр на Подолі на чолі з Віталієм Малаховим з'явився на мистецькій території Києва в 1987 році. На час створення театру за плечима команди однодумців вже були творчі здобутки: вистави «Трактирниця», «Ніч чудес» та ін. Комерційний успіх став можливим завдяки довгостроковому договору, укладеному з тюменською нафтодобувною компанією. Театр вирушає на прибуткові гастролі на південь Західного Сибіру. Зароблені кошти витрачаються на облаштування сцени та поліпшення фінансового становища трупи.

Протягом семи років з моменту свого народження Театр на Подолі був практично мандрівним, і в кожному турне отримував визнання. Так, британська газета «Обсервер» порівнювала виставу «Ніч чудес» з «бездонним океаном під час шторму». У 1993 р. видання «Гардіан» відзначило високу художню цінність музичної вистави про протиборство зі смертю «Бенкет під час чуми» з огляду на Чорнобильську трагедію. Про театр, що ризикнув привезти дві шекспірівські вистави («Сон літньої ночі» та «Яго» за мотивами «Отелло») до стриманої Великобританії й завоював популярність в очах преси та публіки, із захопленням писали «Таймс», «Файненшіал таймс» та інші. Трупа Театру на Подолі була визнана однією з найкращих у програмі найпрестижнішої імпрези в Единбурзі (Шотландія), де водночас показували вистави близько 900 труп.

У 1994 р. Театр на Подолі отримав статус державного. На той час у його репертуарі – понад 50 вистав; актори й художній керівник – лауреати 24-х номінацій найпрестижнішої театральної премії України «Київська пектораль». Протягом наступних десяти років театр отримав ще дев'ять нагород цієї премії: у 98-му – за «В степах України» та шість років потому – за виставу «Дядя Ваня» у постановці Малахова, який згодом став лауреатом Національної премії України ім. Шевченка в галузі мистецтва та отримав звання народного артиста України.

Академічні театри Києва завжди заслуговують на особливу увагу. У 2006 р. за видатні досягнення в розвитку українського драматичного мистецтва цього статусу набув і Театр на Подолі.

У 2012 р. театр уперше взяв участь у міжнародному театральному фестивалі «Добрий театр», почесне журі якого визнало переможцями в номінаціях Краща жіноча та Краща чоловіча роль Вікторію Булітко та Ігоря Волкова (Валентина та Шаманов з «Минулого літа в Чулимську»). Крім того, у новій номінації фестивалю «Срібний дзвіночок – добра вистава» перемогла вистава «Льовушка». У 2013-14 рр. найкращі вистави Києва поповнилися декількома прем'єрами Театру на Подолі: «Що я бачив уві сні...» (у постановці Славинського), «Вернісаж на Андріївському» (режисер-постановник В. Малахов). Завершився сезон прем'єрою «Ревізія-Шмавізія» (фінальна частина трилогії А. Крима «Оповідання про єврейське щастя»).

У 2015 р. будівля театру закривається на дворічну реконструкцію. Оновлений Театр на Подолі запрошує глядачів на вистави формату 5D з використанням технологічних можливостей мобільної сцени, нового звукового обладнання, проекційного екрана, снігових установок.
Театр активно займається благодійницькою діяльністю, влаштовуючи особливі вечори для людей з обмеженими можливостями. На його сцені проходять вистави для людей з вадами зору та порушенням слуху, театр обладнаний з урахуванням потреб людей з інвалідністю (є пандус і ліфт). Неодноразово колектив театру проводив вечори, присвячені Міжнародному дню «Білої тростини».

Першою виставою на новій сцені на Андріївському узвозі стала «Сто тисяч» Івана Карпенко-Карого. В афіші сезона 2017-2018 рр. – найбільш знані вистави: «Мати» за Карелом Чапеком, «Передчуття Мини Мазайла» за Миколою Кулішем, «Фараони» Олексія Коломійця, «На дні» Максима Горького. Після 10 років перерви до репертуару повернулася легендарна вистава «Дядя Ваня» за Чеховим.